1957 m. sovietų agentai, vadovaujami pulkininko daktaro Irinos Spalko, pagrobė amerikiečių archeologą Indianą Džounsą ir jo partnerį Džordžą „Macą“ Makheilą. Jie infiltravosi į 51-ąjį angarą Nevadoje ir pasitelkė Džounsą, kad surastų mumifikuotą ateivį iš incidento Rosvele. Džounsas surado mumiją, kol jį apgaudinėjo Makas, tačiau jis pabėgo į netoliese esantį miestelį Nevados bandymų poligone, likus kelioms minutėms iki atominio bombos bandymo. Jis išgyveno sprogimą švinu išklotame šaldytuve viename iš miestelio imitacinių namų, kol buvo išgelbėtas ir apklaustas FTB.
Grįžęs į Maršalo koledžą, Džounsas sužino, kad jam buvo išduotos neriboto laiko atostogos. Jaunas tepalų meistras Mutas Viljamsas prieina prie Džounso ir praneša, kad jo buvęs kolega Haroldas „Ox“ Okslis, ieškodamas mitinio Akatoro miesto, Peru rado krištolinę kaukolę. Sovietų agentai bando juos sugauti, tačiau jiedu pabėga ir keliauja į Peru.
Peru jie randa Okso sukurtus raižinius, kurie nuveda porą prie Francisco de Orellanos kapo, kuriame yra pailga krištolinė kaukolė. Palikę kapą, juos sugauna sovietai ir išveža į stovyklą Amazonės atogrąžų miškuose. Jie vėl susijungia su Maku, Spalko, psichiškai nesveiku Oksu, ir Muto motina Marion Ravenwood, kuri praneša Džounsui, kad Mutas yra jo sūnus. Spalko pasako Džounsui, kad kaukolės yra nežemiškos kilmės, ir ketina jas panaudoti sovietinei propagandai skleisti amerikiečių galvose. Džounsas užmezga trumpą telepatinį ryšį su kaukole, kuris liepia jam ją grąžinti Akatorui. Jis supranta, kad Oksas bando bendrauti automatiniu raštu, atrasdamas kelią į miestą.